Parazitologické vyšetření je prováděno za účelem detekce a identifikace ektoparazitů a endoparazitů. Nejčastěji používanou metodou je mikroskopické vyšetření vzorku. Ektoparazité jsou detekováni adspekcí za použití stereomikroskopu a mikroskopií kožních seškrabů a vzorků srsti. K průkazu endoparazitů slouží flotace trusu, mikroskopie nativního preparátu (trusu, seškrabu ze sliznice žaludku a střev), filtrace a flotace střevního obsahu, analýza močového sedimentu a seškrab ze sliznice močového měchýře (pouze u potkanů). K detekci některých parazitů jsou používány metody molekulární biologie (PCR, real-time PCR, sekvenování), serologie a histologie.
| Agens | Metoda | Hostitel |
| Myocoptes musculinus | mikroskopie, PCR | M |
| Myobia musculi | mikroskopie, PCR | M |
| Radfordia affinis | mikroskopie, PCR | M, R |
| Notoedres spp. | mikroskopie | R, H, Rb |
| Polyplax spp. | mikroskopie | M, R |
| Chirodiscoides caviae | mikroskopie | Gp |
| Trixacarus caviae | mikroskopie | Gp |
| Gyropus ovalis | mikroskopie | Gp |
| Gliricola porcelli | mikroskopie | Gp |
| Psoroptes cuniculi | mikroskopie | Rb |
| Cheyletiella parasitovorax | mikroskopie | Rb |
| Listrophorus gibbus | mikroskopie | Rb |
| Haemodipsus spp. | mikroskopie | Rb |
| Ornithonyssus bacoti | mikroskopie | M, R, H |
| Agens | Metoda | Hostitel |
| Giardia spp. | mikroskopie, ELISA, PCR | M, R, Gp, H, Rb |
| Spironucleus muris | mikroskopie, PCR | M, R, H |
| Tritrichomonas spp. | mikroskopie | M, R, H, Gp |
| Entamoeba spp. | mikroskopie | M, R, H, Gp, Rb |
| Endolimax cavie | mikroskopie | Gp |
| Eimeria spp. | mikroskopie, flotace | M, R, Gp, Rb |
| Cryptosporidium spp. | mikroskopie, flotace, histologie | M, H, Gp, Rb |
| Klossiella spp. | histologie ledvin | M, Gp |
| Toxoplasma gondii | IFA | M, R, Gp, H, Rb |
| Encephalitozoon cuniculi | ELISA, IFA, histologie | M, R, Gp, H, Rb |
| Syphacia spp. | mikroskopie, flotace, PCR | M, R, H |
| Aspiculuris spp. | mikroskopie, flotace, PCR | M, R |
| Passalurus ambiguus | mikroskopie, flotace, PCR | Rb |
| Paraspidodera unicata | mikroskopie, flotace | Gp |
| Trichuris muris | mikroskopie, flotace | M, R |
| Trichosomoides crassicauda | mikroskopie, histologie | R |
| Rodentolepis spp. | mikroskopie, flotace | M, R, H |
| Hymenolepis spp. | mikroskopie, flotace | H |
Použité zkratky: M - myš, R - potkan, Gp - morče, H - křeček, Rb – králík
