Diagnostika nežádoucích agens u laboratorních hlodavců a králíků je tvořena celou řadou metod v oborech serologie, bakteriologie, parazitologie a histologie. Mezi hlavní serologické metody sloužící k detekci protilátek proti virovým agens patří ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) a IFA (immunofluorescence assay). Bakteriologie je založena na kultivaci a následné identifikaci bakterií pomocí MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption ionization – time of flight) nebo sekvenování. Koprologie a mikroskopie jsou hlavní metody používané pro identifikaci endoparazitů a ektoparazitů. Histologie je využívána v případě výskytu lézí zjištěných na orgánech zvířete během pitvy. K detekci DNA nebo RNA nežádoucích organismů jsou používány také metody molekulární biologie jako je PCR (polymerase chain reaction) a real-time PCR.
